一、操作准备1、软件准备Fiji2、插件准备Sholl (自带) NeuronJNeuronJ插件安装后重启二、图像预处理1、标尺设定在标尺上勾画线段 - Analyze - Scale set - 输入标尺和单位Known distance Unit of length2、导入原图后去黄使得树突对比度更高 Image - Adjust - Brightness/Contrast感觉有点鸡肋3、8-bit转换Image - Type - 8-bit4、图像增强选用Process - Enhance contrast5、选择合适的阈值分割算法将图像二值化Image - Adjust - Threshold并删去标尺框选部分Edit - Clear6、修补断裂的部分 并 Process - Binary - Make Binary否则会变成【如果遇到特别杂乱的背景】利用矩形工具框选目标复制窗口利用取色笔取背景色再利用画笔涂抹掉非目标区域双击可选择笔画粗细喷漆几何图案更省事8、骨架改色变成荧光绿等 Image - Color - Channel Tool - More - Green9、树突骨骼化Process - Binary - Skeletonize10、分析树突棘数量Analyze - Skeleton11、统计、作图End-point voxels树突棘个数Longest Shortest Path树突长度统计量为树突棘密度Spine Density End-point voxels/Longest Shortest Path参考文献(1 封私信) 快速树突棘密度分析方法及细胞计数 - 知乎image J软件的使用医学科研-树突棘密度分析_哔哩哔哩_bilibili